Base du problème

Il nous est souvent nécessaire de comparer deux ou plus séquences (chaînes de caractères , vecteurs ou fonctions continues du temps ) et de savoir comment elles différent. Ce problème de comparaison entre deux séquences est assimilable au calcul d'une distance entre les éléments de ces séquences.
Ce calcul, aussi appelé application, est plus ou moins difficile suivant les correspondances connues ou non entre ces éléments.

On distingue deux catégories d'application :

-discrète : les séquences sont de longueurs différentes et composées d'éléments pouvant être assimilés à un alphabet . Par exemple le traitement de séquence d'ADN .

-continue : on compare alors des fonctions continues dépendant d'une variable t (souvent le temps)
entre deux intervalles de longueurs différentes.

Ces applications peuvent être optimisées, on utilise pour cela la programmation dynamique appliquée aux sous-problèmes, par exemple rangement de réponse dans une matrice de taille= taille de query*taille de données. La comparaison dépend de l'initialisation et du type d'optimisation (minimisation ou maximisation) impliquant une phase de backtracking différente.

Nous allons plus particulièrement nous intéresser à un sujet traité par la bioinformatique, la comparaison de séquence d'ADN, sans oublier de vous présenter d'autres domaines d'applications.
Le problème qui nous intéresse dans l'ADN est de comparer de nouvelles séquences biologiques à des séquences dont on connaît déjà l'utilité, et de définir à quel point elles sont semblables .

Pour traiter ce problème l'utilisateur doit posséder de bonne connaissance à la fois :

-du problème biologique .
-des méthodes de calcul.
-de l'influence des paramètres sur le problème .

C'est pourquoi nous nous appliquerons à vous présenter chacun de ces aspects à travers les pages qui suivent.