Les différentes machines

Les différentes machines utilisées ont recourt à la parallèlisation, ceci ayant pour but de réduire la complexité en distribuant les calculs sur les différents processeurs.

Serveurs Web

+ accès facile aux banques de données et remise à jour quotidienne de celles-ci

- connexion lente

- problèmes de confidentialité

De façon générale, il est assez facile de trouver un serveur web où l'on peut soumettre sa requête. On peut la comparer à différentes banques de données, avec différents algorithmes, la réponse est donnée soit sous forme de page web soit sous forme de mail.

Machines Massivement programmables (ou machines parallèles programmables)

+ bon compromis entre puissance de calcul/capacité à résoudre plusieurs problèmes

-gros investissement (qq MF)

Réseaux calculateurs (ou réseaux de stations de travail)

+ ou - usage des ressources internes

+ utilisation sur différents problèmes

- puissance de calcul limitée

-hétérogénéité du parc de machines ->stratégie de répartition et parallèlisation efficace

- gestion des banques de données

Elles n'utilisent généralement pas les algorithmes de programmation dynamique, qui seraient trop lent, mais des heuristiques plus rapide mais ne garantissent pas une solution optimale.

Machines spécialisées

+ les meilleurs résultats

+ très rapide

+ prix modéré

- gestion des banques de données

- pas réutilisables pour d'autres problèmes

- laisse le baktrack à la machine hôte

De plus en plus utilisées, elles sont les seules à pouvoir utiliser efficacement la programmation dynamique (sans heuristiques).

Exemple de performances de machines spécialisées:

  Bisp BioScan Bioaccelerator Samba Splash_2
Nb-processeurs
256
12992
X
300
512
Horloge (Mhz)
12.5
32
X
20
20
Puissance (CME/s)
3.2x109
25x109
320x106
6x109
10x109

Exemples de machines : SAMBA de l'irisa, The Paracel GeneMatcher de Paracel Inc.